بررسی وضعیت سلامت جسمی درمانجو که تحت نظر پزشک انجام می گیرد از مراحل مورد توجه در این مرکز درمانی است. بدیهی است مددجویان با سابقه بیماری های جدی پزشکی از جمله (بیماری های قلبی، تنفسی، عفونی، زخم باز، شکستگی و ...) مورد پذیرش قرار نخواهند گرفت. این مرکز از پذیرش و اقامت افراد با بیماری های جسمانی و روانی غیرمرتبط به بیماری اعتیاد جددا امتناع خواهد کرد.
مدت زمان سم زدایی، که طبق پروتکل سازمان بهزیستی بین 3تا5 روز در نظر گرفته شده، انجام می شود. افراد درمانجو برای طی کردن مدت زمان سم زدایی نیاز به محیطی آرام و راحت، رسیدگی و توجه دارند. در مرکز ارمغان صبح آزادی این مهم به خوبی برآورده شده است. اتاق سم زدایی علاوه بر داشتن فضایی آرام، مجهز به تلویزیون و دستگاه دی وی دی برای بهتر سپری شدن این زمان می باشد، در ضمن خدمتگزاران دلسوز با ارائه خدمت به دوستان همدردشان آنها را در گذراندن این چند روز یاری می نمایند.
